Originariamente inviato da ^EvAmPiReS^
codice:
// Prendo la radice commenti
Element root = document.getDocumentElement();
// Appendo alla radice del documento il nuovo commento
root.appendChild(commento);
Sì, proprio questo è quello da fare.

Originariamente inviato da ^EvAmPiReS^
1. Non mi identa correttamente l'XML (è possibile immettere i tabs?)
Altre API dedicate a XML come ad esempio la libreria JDOM offrono la possibilità di specificare delle opzioni per formattare in modo appropriato/gradevole il documento.

Ma il succo, anche con un'altra API qualunque per XML che non offre opzioni di "abbellimento" del documento, è comunque molto semplice: spazi e newline sono semplicemente contenuti in nodi di "testo" (con il DOM W3C è un org.w3c.dom.Text).

Vuoi che dopo <commento> ci sia un newline e poi 8 spazi prima di <utente> ?? Bene allora il primo figlio di <commento> non sarà il Element <utente> ma un text node che contiene newline \n e 8 spazi.
Ma in questo caso con le API di JAXP (Transformer ecc...) devi farlo tu.

Originariamente inviato da ^EvAmPiReS^
2. Non riconosce la codifica UTF-8 (immetto il commento da una textarea)
Il fatto della textarea non centra nulla. In Java i caratteri sono char (16 bit) che essendo in UTF-16 possono rappresentare qualunque code point Unicode.

Se proprio uno vuole specificare esplicitamente un encoding, lo si può fare impostando una apposita property al Transformer.

Originariamente inviato da ^EvAmPiReS^
3. Non aggiorna il file del progetto, bensì quello dentro la cartella build (ma forse questo è normale)
Beh, è solo questione di vedere quale path hai usato, se "assoluto" o se "relativo" e in quest'ultimo caso sarebbe relativo alla directory "corrente" e quale sia .... beh, dipende da come/da dove è stata avviata la applicazione.

Originariamente inviato da ^EvAmPiReS^
<testo>Ciao, è una bella giornata.</testo>
Ma infatti questo è UTF-8. Quella sequenza è sono 2 byte che rapresentano in UTF-8 il code point U+00E8 cioè proprio una "è". Se tu lo hai guardato con un editor che non usa UTF-8 ... beh, chiaro che non vedi la "è". Apri il documento con un browser (IE, FF ecc...) o con un text editor impostato per UTF-8.

Originariamente inviato da ^EvAmPiReS^
Non c'è modo di appendere il commento e basta?
Con queste API no.