Temo di non comprendere la tua necessità.

Il tuo script funziona (sino a qui ok).
Php come ben sai una volta che la pagina ha finito di essere elaborata smette di girare.
Puoi modificare il tuo script che ad esempio faccia non un solo file per volta ma sei o sette file , se il tempo è troppo lungo esistono dei sistemi per far refreshare il sistema e ripartire da una tal variabile X. Se vuoi un sistema in background potresti provare con Javascript a fare una chiamata Ajax ad una pagina .php che fa queste trasformazioni, poi in Javascript gli dici di fare questa chiamata ogni ToT tempo.