Con tutta probabilità si tratta di due file mdb diversi e la causa risiede nella "virtualizzazione" delle cartelle protette in Windows Vista e Windows 7.
Prova a vedere se esiste una cartella VirtualStore sotto a C:\Utenti\<utente>\Documenti\AppData. Se non vedi la cartella AppData imposta la visualizzazione di file e cartelle nascoste.
Se da quelle parti ritrovi il vero database allora la mia ipotesi è correta e quindi non è un problema di programmazione.