Thunderbird usa il file format mbox. Nel mbox, ogni nuovo messaggio comincia con la stringa "From" seguita da uno spazio. Sapendo questo, puoi fare un explode sull'intero file, ad esempio:

$messaggi = explode('From ',$contenutofile);
foreach($messaggi as $messaggio){
//ora fai tutte le tue regex sul singolo messaggio, prendi i dati, mettili nel db o fai quello che vuoi
}

L'unico conflitto potrebbe essere se hai anche nel corpo del messaggio righe che cominciano con "From ", ma da quello che ho visto, non sembra.