presumo tu abbia una tabella adibita ad accogliere le query da salvare.
potresti dunque fare una insert di una query bonificata con un replace da apici e doppi apici.

codice:
$sub_query = "SELECT
   clienti.cleinte,
   clienti.referente_cognome_nome,
   clienti.referente_email
   FROM clienti
   WHERE clienti.id IN(\".implode(\\'\\',\\'\\',posts(\\'clienti\\')).\") LIMIT 50";

$query = "insert into query_table ('command') value ($sub_query);"