Ciao,
vedo se ti posso aiutare.

Allora, primo: io non credo che sia necessario un div per contenere un singolo input, cioè è uno spreco di codice ..A meno che tu non abbia bisogno di dare uno stile/posizione particolare all'area inclusa/attorno a ciascun input..

Ma ripensandoci, anche allora, lavorando con i css riusciresti comunque ad ottenere questo risultato (se intendi personalizzare ogni div/input), e anche con molta meno fatica fidati


Riguardo le prestazioni,
sicuramente non ci saranno chissà quali problemi, però considera 2 cose:

1) chi opera con browser meno recenti potrebbe riscontrare un leggero calo di prestazioni,
in quanto il motore di rendering dell'html potrebbe soffrire di qualche pecca, che potrebbe divenire più evidente se in aggiunta l'utente usa una connessione ADSL lenta..
Ma è un problema marginale, sta a te decidere quanto darci peso.

2) se devi indicizzare la pagina sui motori di ricerca, gli spider non vedranno tanto di buon'occhio la tua pagina, se supera diciamo i 300/500 kb..
Se non devi indicizzare la pagina allora non è un problema.


Infine, posso dirti che potresti usare javascript per includere codice html dentro la pagina.
Se proprio devi avere 99 div con 99 input text, potresti far così:
a)includere 3 script da 33 div ciascuno
b)includere 9 scritp da 11 div ciascuno
c)includere 11 script da 9 div ciascuno
Tutto ciò sempre e solo per migliorare la leggibilità, in quanto avresti i div separati a blocchi per cosi dire..ovviamente puoi creare degli script con numero di div variabile come vuoi

Se alla fine, il tuo problema è solo snellire le righe di codice,
bè, leva quei 99 div ..ne bastano una decina max,
se proprio vogliamo metterli

Saluti, spero di esserti stato utile!