forse non capisco quello che cerchi... basta modificare la query!!
Rimuovendo la condizione `desc_ente` = 'cliente1' avrai gli incassi totali di un determinato anno:

$query="SELECT `desc_ente`, `anno`, `importo`
FROM `tabella`
WHERE `anno` = '2009'";

rimuovendo l'anno e lasciando il cliente avrai il totale di quel cliente

$query="SELECT `desc_ente`, `anno`, `importo`
FROM `tabella`
WHERE `desc_ente` = 'cliente1';

rimuovendo entrambi avrai l'incasso taotale di sempre

$query="SELECT `desc_ente`, `anno`, `importo`
FROM `tabella`

Vedi te cosa ti serve e come gestirli