Premesso che non capisco perchè inserire le librerie JAR di un'applicazione all'interno del JAR dell'applicazione stessa, il JAR prodotto da NetBeans, ovviamente, richiede che le librerie stiano tutte dentro ad una directory "lib" posta allo stesso livello del JAR prodotto... in pratica, la directory "dist" del progetto di NetBeans (tutto il contenuto della directory, non solo il file JAR, ad esclusione, ovviamente, dei file di testo informativi) è esattamente tutto ciò che serve (e che basta) per eseguire l'applicazione.

In pratica, la directory "dist" ha questa struttura:

codice:
dist/
  +--> lib/
  +--> jar file
Ciao.