CLR Common Language Runtime ... non CRL ...

Come al solito, per domande del genere, non c'è un qualcosa di "meglio" ...

Il C++ CLR prevede l'uso del Framework .NET (anche per il sistema in cui girerà l'eseguibile), un po' come il Java.

Il C++ "nativo" non usa librerie e quindi è, ovviamente, tutto molto più complesso se vuoi lavorare con le finestre. In quel caso userai delle librerie apposite, "native", a partire da MFC, ATL e simili.