Verifica che nelle opzioni di emule il link alla cartella dei file temp sia corretto.
Se ancora non funziona, puoi creare una seconda cartella per i file temporanei (temp2) e gli copi dentro i file temporanei che hai nella cartella temp originaria, poi dai a emule il nuovo percorso.

Non ho emule std ma emule adunanza e così funziona, dovrebbe andare anche con emule.