Dopo aver ammesso che non ho letto il codice che hai postato (non ce l'ho fatta, era tutto su una riga ), ti dirò che con Aruba su linux ci ho litigato parecchio anch'io.

Lo script per l'invio dei files da dove l'hai preso? è incluso in tinymce? (non conosco quel pacchettino di script)...
Su Aruba, ed è un procedimento conosciutissimo a chi usa - per esempio - Wordpress, bisogna impostare manualmente all'inizio dello script i permessi anche sulle cartelle nelle quali vai a scrivere. E poi, eventualmente, anche sui files, se necessario...

Gioca un po' con la funzione chmod(), vedi se può esserti d'aiuto...