Forse è meglio cosi ^^
il punto e virgola è il carattere che php ti scrive per separare i vari valori che la query ha come risultato!

Codice PHP:
$nome_del_file "boh.txt";  // Nome del file dove salvare il risultato
$query "SELECT * FROM tabella"// Query da eseguire

$contenuto "";  // Dichiarazione della variabile che andrà scritta nel file
$risultato mysql_query($query);  // Eseguo la query e salvo il risultato in $risultato
while( $row = @mysql_fetch_assoc($risultato) ){  // while sull'array $row contenente i dati della query
  
$contenuto.= implode("; "$row).";\n";  // trasformo l'array in una stringa per poterlo scrivere sul file e concateno questa stringa a $contenuto
};

@
file_put_contents($nome_del_file,$contenuto);  // Scrivo il contenuto sul file