Forse è meglio cosi ^^
il punto e virgola è il carattere che php ti scrive per separare i vari valori che la query ha come risultato! 
Codice PHP:
$nome_del_file = "boh.txt"; // Nome del file dove salvare il risultato
$query = "SELECT * FROM tabella"; // Query da eseguire
$contenuto = ""; // Dichiarazione della variabile che andrà scritta nel file
$risultato = mysql_query($query); // Eseguo la query e salvo il risultato in $risultato
while( $row = @mysql_fetch_assoc($risultato) ){ // while sull'array $row contenente i dati della query
$contenuto.= implode("; ", $row).";\n"; // trasformo l'array in una stringa per poterlo scrivere sul file e concateno questa stringa a $contenuto
};
@file_put_contents($nome_del_file,$contenuto); // Scrivo il contenuto sul file