Grazie mille per le risposte.
In realtà era già alla versione 5.2 quando mi dava call to undefined function filter_var, e già questo è molto strano perchè dalla 5.2 la PECL fa parte del core di PHP. Ho pensato potesse dipendere dal fatto di lavorare su un server freeBSD, ma ora sono sicuramente all'ultima disponibile per freeBSD.
Inoltre perchè la stessa cosa me la fa quell'altra macchina con Ubuntu e PHP alla 5.3, completamente aggiornata?

Siamo sicuri che qualche impostazione particolare di php non sia in grado di non far funzionare queste funzioni?

Filter input non l'ho mai usata, la proverò...

Appena possibile vi posto l'error log...
L'errore può essere da qualche altra parte nello script, nonostante eliminando filter_var lo script funzioni regolarmente? Se vi è utile ve ne posto una porzione più ampia, ma mi sembra assurdo...