Se i cambiamenti nei due "ambienti" non si sovrappongono (es. dal sito si aggiungono solo ordini e clienti, dall'azienda solo prodotti etc) allora il merge puo' essere automatizzato. Se invece da entrambe le parti si puo' operare sugli stessi dati (es. modificare dati in anagrafica sia dal sito che dall'azienda) allora diventa un inferno visto che i conflitti vanno risolti manualmente.

Se fattibile direi decisamente soluzione c) e usare un solo database.