Grazie innanzitutto per la risposta.

Non mi è chiaro però il tuo codice, o meglio la parte del while. In pratica con il while scorriamo il file fino alla fine, e fin qui ci sono, ma poi come fa a copiare per esempio le righe che non voglio rimpiazzare (visto che sto in pratica riscrivendo il file originale)? Forse mi sta sfuggendo qualcosa...