Dunque, così a occhio direi:

- donazioni di fondazioni/aziende/privati;
- sponsorizzazioni;
- tecnologie poi riutilizzate in software non free (vedi openoffice / staroffice);
- merchandising vario (magliette, spille, tazze, gadget);
- seminari;
- assistenza tecnica a pagamento;
- personalizzazioni del software che di base è free.

Poi ci sono gli sviluppatori per passione/curriculum/autocompiacimento che lavorano a gratis.