Forse ti basta passare a XHTML 1.0 Strict.
In tal caso anche IE riconosce il box-model standard, anziche` quello suo privato.

Se non puoi cambiare DTD, allora usa i commenti condizionali. Se non sai cosa sono, cerca il riferimento tra i "link utili" o fa' una ricerca nel forum (se ne e` parlato molte volte).