La DTD XHTML 1.0 strict (senza prologo XML) e` quella che (oggi come oggi) da` maggior uniformita` di interpretazione da parte dei browser. Purtroppo per problemi di IE6 deve essere la prima riga della pagina, altrimenti non viene interpretato da IE6.

Chiaramente e` una definizione della sintassi che poi usi nella pagina, e devi quindi rispettare tale sintassi.
Puoi aiutarti con il validatore HTML (mentre il CSS lo puoi validare tramite il validatore CSS)

In alternativa puoi correggere gli errori di IE tramite commenti condizionali: in tutti i casi in cui c'e` padding o border devi modificare le dimensioni del blocco ma solo per IE.