Per prima cosa, visto che sei alle prime armi ti consiglio caldamente di non utilizzare IDE, ma di scriverti tutto a mano (il codice creato da netbeans non si può dire sia molto comprensibile).

Alla 1 ti ha già risposto Alex, aggiungo solo che per far apparire la finestra ti basta un JOptionPane.

2. l'evento Si di un JButton può chiudere 2 finestre ( e dunque l'applicazione )
cioè deve consentire di chiedere tutta l'applicazione all'evento SI
come si fa ?
Non so quanti frame hai aperto, però per chiuderli ti basta richiamare dispose() sull'istanza del JFrame.