Se a te interessa sapere solo il numero di volte che una parola è presente in un file puoi fare così:
$arrayRigheFile = file("file.html"); // mettiamo in $arrayRigheFile tutto il contenuto del file
$num = 0;
$parolaDaCercare="paroalDaCercare";
foreach ( $arrayRigheFile as $key => $riga ) {//scorriamo l'array e aggiorniamo il conteggio
$num += substr_count($riga,$parolaDaCercare);
}
echo $num;


Solo una cosa, la funzionesubstr_count() è case sensitive.