penso che la soluzione migliore sia usare find per tirar fuori tutti i file php e passarli a xgettext

qualcosa tipo

find . -name \*.php -exec xgettext -n \{\} \;

il comando è indubbiamente da affinare, anche perché non ho mai usato xgettext ^^

PS: ti consiglio di usare le man pages ... man xgettext