Provo a scriverti un algoritmo, poi traducilo in php:
- leggi i nomi dei file nella cartella immagini e mettili in un array
- cicla sull'array leggendo un nome di file alla volta
- per ogni nome di file "SELECT * FROM tabella_coi_nomi_delle_immagini WHERE NomeImmagine = nome_file_corrente"
- se la query non trova corrispondenze nel db cancella il file

Il fatto di controllare se attivo sia 0 non credo sia così importante, se il nome del file non è presente dovrebbe voler automaticamente dire che la relativa immagine non è in uso, in caso contrario aggiungi un "AND attivo = 0" alla query.