Allora ho ricontrollato meglio l'errore. In pratica l'errore è dovuto ad un file dll che io in eclipse tramite codice riesco a chiamare. Facendolo partire invece come file jar mi da l'errore sopra citato e come spiegazione mi dice proprio

no jclips in java.library.path, dove quel file è un file dll che io richiamo in eclipse. Come potrei inserire questo file nella java.library.path???