Si l'applicazione è nata a 32 bit ed ancora Visual Studio 2008 la vede a 32 bit, solo che il SO sul quale gira tutto è Windows7 a 64 bit....

Questa non l'ho capita ... che intendi ?
Semplicemente che se si programma utilizzando le MFC si comprende perchè faccio riferimento alla funzione InitInstance()... Non vuole essere discriminante per gli utenti del forum, ma solo definire il linguaggio comune per intendersi...

I problemi li ho ancora prima della InitInstance() che come scritto è una delle prime funzioni ad essere eseguite nel caricamento del programma.

Prima della InitInstance() c'è solo il costruttore dell'applicazione e già lì le variabili hanno valori sporchi...