1) è quasi certamente un problema di CSS

2) devi necessariamente usare il mod_rewrite, una pagina html non verrà interpretata dall'application server, quindi il codice php all'interno sarebbe inutile e non farebbe nulla

3) te lo dice direttamente la pagina linkata ciò che va modificato, basta sapere interpretare gli errori proposti

4) quello indicato è effettivamente un malware, può essere arrivato sul tuo sito direttamente oppure tramite un altro sito vulnerabile presente sullo stesso server su cui è ospitato il tuo