http://technet.microsoft.com/en-us/s.../bb897426.aspx

Questo è il pagedefrag di microsoft, che ricostruisce la registry deframmentandola.

Nota che gli errori segnalati dalle utility che tu segnalavi sono errori di configurazione, NON errori del registro, quindi questa utility di ms non li sistema.

Se però hai così tanti errori nel registro, l'unica cosa che davvero te lo ripulisce è una bella installazione da zero di windows, fatta SENZA reinstallare sulla stessa installazione di windows.