Non c'è nessun problema a creare fogli di stile dinamici tramite php.
Non servono neppure modifche al server (htaccess).

Scrivi il tuo codice php il cui output dovrà essere (ed avere la sintassi di) il foglio di stiledesiderato.
Puoi usare tutti i $_GET o $_POST che desideri, con la normale sintassi.
Le tue uniche due preoccupazioni dovranno essere:

1) specificare che l'output del tuo script php è un css tramite una istruzione header"Content-type: text/css")

2) nelle pagine che usano il css dinamico, indicare il nome del tuo script php (non serve che finisca per .css, va benissimo che abbia il suo regolare .php) anzichè quello di un altro css