Ho risolto, e giusto perche' potrebbe tornare utile a qualcuno, posto qui la spiegazione.

Con il plugin hoverIntent, un timer viene inizializzato (con setTimer) quando l'evento mouseenter viene rilevato. Poi nel momento in cui il timeout scade, allora la posizione del mouse precedente viene confrontata con quella attuale, e se si differenziano di abbastanza poco, la funzione in over di hoverIntent viene chiamata.

Anche se l'elemento del DOM a cui l'hoverIntent era associato non e' piu' presente nel DOM, quando scade il timeout, se il mouse punta ancora alla stessa posizione (o ad una molto vicina) allora la funzione in over viene chiamata. Quindi stoppare la propagazione degli eventi al double-click non aveva senso, il mio problema era appunto il timer ancora attivo che quando scadeva, poco dopo il doppio click, mi chiamava la funzione che avevo passato all'hoverIntent.

Ho risolto mettendo un

codice:
$(this).mouseout();
all'interno della funzione chiamata nel momento del doppio click (quando l'elemento e' ancora presente nel DOM). La mouseout fa si' che hoverIntent "pulisca" il timeout relativo a quell'elemento e mi evita il bug fastidioso che avevo.