guarda che il discorso del padding con i nullbytes dipende dalla libreria 3des, non dal metodo che usi. Ti ho consigliato di usare i *_generic perche' le mcrypt_cbc/cfb/ebc sono deprecate.

E non c'e' nessun scherzo, e' un comportamento normale. Devi semplicemente togliere i caratteri in eccesso.