mi pare esista un progetto (su dev.java.net) chiamato JFlash. Prova a cercarlo. Altrimenti, ma non sono un esperto, magari JavaFX (di per certo è in grado di mostrare file .flv, ma per i .swf il discorso potrebbe essere diverso - in quanto necessitano di un motore in grado di interpretare eventuale codice ActionScript contenuto)