Le pagine di codice sono tante, ma penso che questo pezzo basti. Grazie comunque.

<?php

//Questa è la query che prende le liste dalla tabella che devo stampare.
$qry = "select D.* from documenti D order by D.nomefile asc";
$result = mysql_query($qry,$conn);

//Qui creo l' array $row per poter stampare le liste.
while ($row = mysql_fetch_array($result)) {
$nomenegozio = "";
$expl = explode("-", $row['negozi']);
$numneg = count($expl);

//Questo non serve, stampa una lista da un' altra tabella.
foreach ($expl as $idneg) {
$qry = "SELECT neg FROM negozi WHERE id = " .$idneg;
$res = mysql_query($qry,$conn);

while ($negozio = mysql_fetch_array($res)) {
$nomenegozio = $negozio['neg']."
";
}
}

//Anche questo non serve.
$qry = "SELECT user FROM users WHERE id = " .$row['user'];
$res = mysql_query($qry,$conn);
$utente = mysql_fetch_array($res);


//Ecco, qui stampo la tabella dal db e sfrutto $row. Mi interessa la prima //colonna ( $row['$nomefile'] ), quella dove sono declinati tutti i nomi dei files presenti nel //db. Gli stessi files uploadati e presenti nelle directory. Ad ogni nome vorrei assegnare il suo //rispettivo collegamento.

$leggi = fopen($percorsofile,"r");

echo
"<tr>

<td><p align='center'><input type='checkbox' name='elenco[]' id='elenco'
value='".$row['id']."|".$row['nomefile']."' /></p></td>

<td>".$row['nomefile']."</td>

<td>".$utente['user']."</td>

<td>".$row['note']."</td>

<td>".$nomenegozio."</td>

</tr>" ;

}

?>