Potresti semplicemente mettere nella cartella ftp un file di testo contenente la versione/data dell'ultima release.
Non puoi ovviamente sostituire l'eseguibile mentre è ancora in esecuzione, il trucco potrebbe essere questo:
  • l'algoritmo che controlla la versione sul server ftp risiede in un exe a parte rispetto al programma principale
  • prima di sostituire il programma principale chiudi tutte le sessioni in memoria, in modo che sia possibile sostituire il .exe