Non e' una questione di dove lo inserisci, e' una questione di dove viene eseguito.

Prima viene eseguito il php sul server, e poi al browser viene inviato il risultato del php. Solo a questo punto subentra javascript che interpreta eventuali script presenti nel risultato.

Di conseguenza php non puo' sapere a priori che variabili ci sono nel javascrip, a meno che non gli vengano passate come qualsiasi altra variabile post/get/cookies..

La tua variabile $larghezza_schermo contiene del codice javascript che viene eseguito dal browser, per questo a video la vedi. Php pero' non ne ha idea del risultato finale di quella istruzione.

Nel link che ti ho dato c'e' proprio un esempio su come passare la risoluzione dello schermo da js a php.