Io penso che dovresti impostare i menu' non come chiamata a php ma come chiamate a funzioni javascript.....dovresti prevedere l' area dove visualizzi la pagina scelta agendo sul menu' come una parte che viene aggiornata usando ajax.

In alternativa potresti usare l' urlrewrite e rendere piu belle le query string, sarebbero comunque visibili ma non e' detto che sia un male ( pensa ai bookmark, al reload della pagina ed ai motori di ricerca ).