Non ho ben capito la tua soluzione comunque ho risolto semplicemente in questo modo.

Il submit che volevo attivare si trovava nella pagina "madre" che mi ha generato una popup.
Io dalla popup vado ad attivare il submit presente nel form della pagina madre con la riga di codice seguente:

codice:
opener.document.forms['nomeForm'].submit();

e tutto funge sia su FF che su IE
nulla di piu semplice