Non si capisce granché su quali sono i files, cosa viene prima e cosa viene dopo.

Comunque forse ti sei dimenticato un session_start() in qualche pagina.
Oppure hai fatto qualche echo prima del session_start() e usi le sessioni basate sui cookies

(La sessione deve partire prima di qualsiasi altro output, echo e cose varie... persino un "a capo" accidentale dopo il tag di chiusura ?> in un qualsiasi file può dare problemi)