come potete notare dagli screen le dimensioni della textbox e della checklistbox sono diverse da come dovrebbero essere...
Non mi pare, caso mai è la checklistbox che ha cambiato dimensioni, la TextBox (quella a fianco della checklistbox) è nella stessa posizione e ha le stesse dimensioni.

Sinceramente non capisco, sembra quasi un problema di dimensioni dei Font , a questo punto prova a impostare da codice anche la locatione Size della checklistbox.