Grazie mi hai dato qualcosa a cui pensare
Al momento ho risolto in questo modo:
Invio il testo tramite Ajax ad una pagina jsp. Quest'ultima tramite una funzione la filtra e quando trova un @ lo sostituisce con un <a href... ecc.

A questo punto mi chiedo, lasciare questo lavoro al server è "salutare" o sarebbe meglio spostarla al client?
Se per voi è consigliabile lasciare al client questo piccolo carico di lavoro allora avrò bisogno del vostro aiuto perché sono una frana con js
altrimenti possiamo chiudere qui e vi ringrazio per la disponibilità.

La funzione a lato server che filtra il testo funziona in questo modo:
usa il metodo indexOf(String str, int fromIndex) dove str è la stringa che cerco all'interno del testo e fromIndex è l'indice dalla quale parto all'interno del testo a cercare str. Nel caso in cui trovi str ritorna il valore della posizione del primo carattere distr, altrimenti -1.
Quindi controllo le varie porzioni del testo e sostituisco l'@ con <a href ecc. fino a quando non trovo -1.

A voi le critiche, grazie