AS2 non c'entra nulla con AS3.
AS3 è molto più simile ad altri linguaggi OOP, quindi se impari i meccanismi dell'AS3, automaticamente ti sarà più facile imparare (o quantomeno leggere) tutti gli altri linguaggi come Java e .NET.
AS3 è molto più performante rispetto ad AS2
AS2 è vecchio e fuori ogni standard.
Le più recenti librerie sfruttano AS3 e viceversa.
AS3 è più difficile dell'AS2

Se non ti spaventa l'ultimo punto, ti consiglio di cominciare dall'AS3.
=)