Cosi' a occhio farei 3 tabelle:

Tratte:
- ID
- Partenza
- Destinazione

Fermate:
- ID
- ID_tratta
- ID_viaggio
- Progressivo (per ordinare le fermate)
- Luogo
- Orario

Viaggi:
- ID
- Giorno
- ID_tratta

questa e' la prima cosa che mi e' venuta in mente, ovviamente e' solo la struttura base.