Più che software third-party, ti posso suggerire il debugger standard di Java: l'ho usato solo un paio di volte, ma da quel che ricordo è un bello strumento di sviluppo.
Ti linko la documentazione (cerca "jdb" all'interno del documento):
http://download.oracle.com/docs/cd/E...dex.html#basic

Ricordati sempre, però, che i numeri di linea di un file JSP non corrispondono a quelli del codice che viene effettivamente eseguito: per poter impostare - ad esempio - i breakpoint, devi precompilare la pagine e recuperare il file .java ad esse associato (con Tomcat lo trovi sotto la directory "work")