puoi assegnare una quota ad ogni utente e controllare che non la superi tenendo traccia dei suoi upload.
Non essendo utenti di sistema non puoi impostare questo limite attraverso configurazioni di php o del server.

potresti farlo con o senza utilizzare un db

Con DB: tieni traccia dei files caricati da ogni utente e con un ciclo controlli la dimensione totale, e quinti lo spazio rimanente per l'utente.

Senza DB: imposti il nome dei files come 'utente1-nomefile.pdf' per esempio, e sempre con un ciclo controlli quanto materiale ha caricato