correggo la regexp:

Codice PHP:
if(preg_match_all('/\\<\\!\\-\\-Inizio commento ([a-zA-Z0-9]*)\\-\\-\\>(.*?)\\<\\!\\-\\-Fine commento \\1\\-\\-\\>/s', $stringa, $matches)) { 
mettendo gli apici singoli invece che doppi anche con lo \1 funziona.

in pratica bastava quel "?" in mezzo... come mai? cosa fa?