Ipotizzando che tu utilizzi Prototype, potresti fare una cosa del genere:

Codice PHP:
<input type='checkbox' onclick="$('valcheck').value='1'" > Check 1

<input type='hidden' id='valcheck' name='valcheck' /> 
Poi in fase di controllo dei campi, ti basta controllare il campo valcheck per sapere cosa hanno scelto nei checkbox!

Chiaro ora?