Non son sicuro che quello possa essere un problema.

Io avevo un blog wordpress, su un dominio, ho installato un altro blog in una sottocartella di quel dominio, gli ho assegnato un altro database e non ho intravisto nessun problema relativo ad htaccess o redirects.

Non so sinceramente se il file è stato sovrascritto, ma sul sito 1 avevo attivi i permalinks, e sono rimasti funzionanti.

Anche sul sito 2 noto di avere permalinks attivi e funzionanti, ma non ricordo se li ho abilitati io.

Questa è la mia esperienza ...

Poi non so che configurazione di htaccess hai tu, nel mio caso si tratta di installazioni di wp abbastanza semplici e senza grosse pretese, con qualche plugin ciascuna ...