perchè non fai un backup di file e database del sito 1, installi il sito 2, vedi come va e nel caso vada storto ripristini il backup?

Altrimenti puoi sempre migrare il sito 1 a wordpress 3.0

Mentre la soluzione che scaccia le tue paure credo sia comprarti un altro dominio.

Sinceramente non vedo altre soluzioni

edit: secondo me potresti fare addirittura il backup di solo htaccess e procedere con l'installazione della seconda istanza.

L'importante è che in qualsiasi caso tu tenga sempre i siti in cartelle diverse.