Gestire gli url con codeigniter

[DjDrake]

forse capisco male io il tuo problema. Comunque prova a dare un'occhiata qui http://codeigniter.com/user_guide/general/urls.html . Come vedi devi impostare nel config.ini

$config['enable_query_strings'] = TRUE;
 $config['controller_trigger'] = 'c'; 
$config['function_trigger'] = 'm'; 

e ricordati che comunque devi richiamare il controller apposito con la sua azione utilizzanfo le shorttag che definisci in controller_trigger e function_trigger che di default sono 'c' e 'm'.
Quindi l'url si trasformerebbe in

index.php?c=controller&m=method

il metodo se non richiamato chiama il metodo costruttore del controller .Quindi per il tuo caso se tu vorresti chiamare la pagina contatti devi scrivere

index.php?c=contatti