Di suo, Java - e credo nessun altro linguaggio di programmazione - sa dialogare nativamente con una periferica quale uno Scanner.
C'è qualche progetto che prova ad interfacciarsi tramite driver TWAIN. Uno ad esempio è Morena di GNOME, che non conosco:

http://www.gnome.sk/Twain/jtp_try&buy.html

prova a darci un'occhiata.

PS: a riscrivere tutto da zero, non sono poche righe come immagini (ci sarebbe da usare JNI e scrivere un driver in C)