Vediamo se riusciamo a risolvere.

Inizia col scaricare l'utility handle
Scompatta l'exe e copialo nella cartella system32.

Tramite questa utility potrai monitorare i file attualmente in uso.

A questo punto lavorerei di powershell. Se hai windows 7 l'hai già integrata, in caso contrario la devi scaricare.

Ti posto un esempio di codice da cui partire.

codice:
do {
$handle = handle
$inuso = @()
foreach ($riga in $handle) {
    if ($riga -match 'C:\\cartella_da_monitorare\\' ) 
         {$inuso+=$riga}
    }
} until ($inuso.Length -eq 0)
write-Host "libero"
In pratica questo ciclo continuerà fino a quando l'utility handle rileverà file in uso nella cartella specificata. Una volta "liberati" tutti i file mostrerà a video la scritta "libero".
Chiaramente a libero andrà sostituita l'elaborazione di ffmpeg ecc.

Quando sei "operativo" con la powershell batti un colpo.
P.S. Alla fine del percorso ci vuole ugualmente il doppio backslash. Ho visto che il forum se ne è mangiato uno.