Se l'hosting è vostro avete pochi problemi.

Io farei uno script con un ciclo infinito interrotto se viene lanciata un altra istanza.

Ad esempio puoi fa in modo che quando venga lanciato lo script scriva in un file di testo il suo micro time e ogni ciclo controlli se il file di testo è cambiato.
Nel qual caso termina perchè è stata lanciata un altra istanza dello script.

Oltre a questo scheduli lo script perchè venga lanciato ogni 15 minuti per esempio.

In questo modo se hai qualche problema male che vada hai 15 minuti di buco e hai sempre una sola istanza dello script che gestisca le code.